Les années qui suivent seront celles dédiées à la religion, il devient Ministre du Culte puis Pasteur de Réalmont en 1591.Parallèlement, sa connaissance du latin, du grec et de l'hébreu en font un bon historien, mais aussi un géographe. En 1606, il sera fait "Géographe ordinaire du Roy" par Henri IV.
Grâce à son amitié avec Sully, il recevra le 27 mai 1609, une récompense de 1200 livres. Poursuivant l'observation du ciel, ayant visité la Tour Astrologique de Catherine de Médicis et probablement celle d'Uranibourg (château de Tycho Brahé au Danemark). Cette somme perçue et sa passion de l'astronomie, le décide à construire son propre observatoire sur le point le plus élevé de Castelfranc : ce sera la Tour Carrée, un bâtiment bas à 2 niveaux, s'achevant par une tour-observatoire à 4 niveaux, une tour carrée. Une galerie en bois fait le tour complet de l'étage supérieur.

Il entreprit le calcul et la rédaction d'un diaire astrologique, dont on sait peu de chose car aucun ne nous est parvenu, ainsi qu'une importante Cosmographie riche de nombreux schémas et cartes du ciel. Le diaire était peut-être composé de séries de tables donnant les heures de passages au méridien des constellations du Zodiaque avec les principales étoiles, au cours de l'année solaire.
Guillaume le Nautonier s'éteindra au château de Castelfranc à l'âge de 63 ans.